Die kleine Stadt, idyllisch in einer Oase südlich von Santa Rosalia auf der Baja California gelegen, ist einer der schönsten Orte der gesamten Halbinsel. Er liegt eingerahmt durch zwei Hügel inmitten tausender, großer Palmen in einem schmalen Flusstal, das unweit des Ortes in einen Meeresarm übergeht. Die wichtigsten historischen Gebäude sind eine alte Missionskirche und das zum Museum umgewandelte, ehemalige Gefängnis, von dem aus man einen wunderbaren Blick über das Grün der Oase hat.
Der Name Mulegé geht auf die einheimischen Cochimé zurück, die diesen privilegierten Ort "Carmaañc galexá" nannten, die "große Schlucht an der weißen Flussmündung". Hier gründete Pater Juan de Ugarte, ein honduranischer Missionar, dessen Wirken tiefe Spuren in der Geschichte dieses Landstrichs hinterlassen hat,  1705  die Mission "Santa Rosalia de Mulegé". Die charakteristisch schlichte, L-förmige Kirche mit ihrem zurückversetzten Kirchturm wurde unter Ugarte's Nachfolger, Pater Francisco Escalante zwischen 1754 und 1766 erbaut. Im Inneren der

Kirche, die originalgetreu restauriert worden ist, wird eine Statue der Heiligen Rosalia und eine Glocke aus dem 17. Jahrhundert aufbewahrt.
Zum Charme Mulegés trägt auch die Geschichte seines Gefängnisses bei, das - 1907 fertiggestellt - ohne Gitterstäbe auskam. Die Häftlinge konnten das Gefängnis während des Tages verlassen, um ihrer Arbeit nachzugehen, lediglich bei Anbruch der Dunkelheit mussten sie sich wieder einfinden.
Mulegés legendäre Gastfreundschaft zieht ruhe- suchende Reisende aus aller Welt an, und nicht zuletzt tragen die feinsandigen Strände der nahe- gelegenen Bahía Concepción zur Attraktivität der romantischen Oase bei.
Spuren der ehemaligen Bewohner der Gegend findet man in Form von Höhlenzeichnungen in der Sierra de San Borjita, die zu den bekanntesten und am besten erforschten der Baja California zählen. Felsmalereien und Petroglyphen findet man auch im Cañon La Trinidad.