Während der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wirkten innerkolumbianische Konflikte destabili- sierend auf Panama.
Wie in den anderen Nachfolgestaaten der spanischen Kolonialmacht auch, kam es zu häufig blutigen Aus- einandersetzungen zwischen den politischen Parteien der Liberalen und der Konservativen. Waren die Liberalen am Ruder, wuchs die Eigenständigkeit des panama- ischen Departements, obsiegten die Konservativen, wurden die Lockerungen wieder zurückgenommen und alle Autonomiebestrebungen unterdrückt. 40 verschie- denen Verwaltungen standen 50 Aufstände und Rebellionen sowie 13 Interventionen der USA gegenüber, legitimiert durch das Bidlack-Mallarino Abkommen, in dem die USA die Sicherheit des Verkehrsweges am Isthmus garantierten.

Roosevelt - Karikatur
Die Jahrhundertwende stand unter dem Zei- chen einer Revolte radi- kaler Liberaler gegen die kolumbianische Regie- rung, die auf panama- ischem Territorium aus- getragen wurde. Der "Krieg der  tausend Tage" (1899-1902) wurde mit Hilfe us-amerika- nischer Truppen, die auf Bitte Kolumbiens eingrif- fen, beendet. Die USA verfolgten nach wie vor das Projekt eines Ka- nals, die politischen Vorzeichen sprachen zu dem Zeitpunkt jedoch für Nicaragua.. Im Privathaus des New Yorker Bankiers J.P. Morgan gründete sich ein geheimes Syndikat, dem u.a. der der Abgesandte der französischen Kanalgesellschaft, Phillipe Bunau Varilla, angehörte. Das Syndikat kaufte die wertlosen Papiere der 1894 gegründeten französischen Nachfolgegesell- schaft auf und “überzeugte” den US-Senat, den geplanten Kanal in Panama zu bauen. Um die Kanal- Aktien bestmöglich an die US-Regierung verkaufen zu 		können, musste das Wall-Street-Syndikat den politi- schen Boden in Panama bereiten. Da sich die kolum- bianische Regierung weigerte, die französische Konzession an eine fremde Regierung zu ver- kaufen, musste ein unabhängiges Panama mit einer Marionetten-Regierung geschaffen werden.
Im Juli 1903 gründete sich eine "revolutionäre Junta", die von einem Anwalt der Panama Railroad Company angeführt wurde. Unter dem Schutz der US-Marine inszenierten die Junta-Mitglieder, allesamt Angehörige prominenter und einflussreicher panamaischer Fami- lien, im Oktober einen erfolgreichen Aufstand gegen die kolumbianische Regierung. Bereits am 6.November anerkannte US-Präsident Roosevelt die Junta als legale Regierung Panamas. Als deren Repräsentant unter- zeichnete der Franzose Bunau-Varilla den Vertrag über den us-amerikanischen Kanal am Isthmus. Bunau- Varilla hatte zu diesem Zeitpunkt seit 17 Jahren nicht mehr in Panama gelebt und kehrte danach auch nie wieder in das Land zurück. In seinem Zimmer im New Yorker Waldorf Astoria verfasste er die panamaische Unabhängigkeitserklärung, die Verfassung und sogar die Landesflagge.
Trotz wenig vorteilhafter Bedingungen für die panama- ische Seite wurde der Vertrag von Panama ratifiziert. Er räumte den USA weitgehende Rechte ein. Sie erhielten de facto Souveränität über einen 16km breiten Streifen beiderseits des Kanals - die sogenannte Kanalzone. Panama war damit zum Protektorat der USA gewor- den, die für ihre Zusage, Panamas Unabhängigkeit zu garantieren, das Recht erhielten, sich jederzeit in die inneren Angelegenheiten Panamas einzumischen. Dieses Recht bezahlten sie einmalig 10 Millionen US-Dollar und eine jährliche "Pacht" von 250 000 US-Dollar in Gold. Für die Anteile der ehemals französischen Gesellschaft wurden an J.P. Morgan und Co 40 Millionen US-Dollar bezahlt. Auch der "Held" der panamaischen Unabhängigkeit und praktischer Führer der Junta, Manuel Amador Guerrero, ging nicht leer aus. Die 100 000 US-Dollar, die er per Scheck erhielt, entsprächen heute einer Summe von 10 Millionen US-Dollar.