Die Installation einer zivilen Kolonialverwaltung unter der Aufsicht sogenannter “oidores”, ziviler Richter mit weitreichenden legislativen und exekutiven Befug- nissen, beschnitt den Einfluss der militärischen Eroberer.
Die territoriale Expansion der spanischen Kolo- nien wurde von einer massiven Missionierung der Indígenas begleitet.
Zuerst kamen die Franziskaner (1523 und 1524), die bis 1559 achtzig Missionen in Neuspanien gegründet hatten. Ihnen folgten die Dominikaner (1525), die Augustiner (1527) und schließlich die Jesuiten (1571). Insgesamt wurden während 300 Jahren spanischer Kolonialherrschaft in Mexiko rund 12.000 Kirchen gebaut.

Auch wenn die Bekehrung der "Indianer" zum Christen- tum oberstes
Ziel ihrer Aktivitäten blieb, legten die ka- tholischen Missionare doch auch den Grund- stock für die Ver- schmelzung der spani- schen mit den mexika- nischen Kulturen. Sie nahmen die Einheimi- schen vor exzessiven Übergriffen der spa- nischen Herren in Schutz und gewannen so deren Vertrauen. Missionare gewähr- leisteten die rudimen- täre Erziehung von Kindern und Jugend- lichen und führten sie auch an europäische Musik und Kunst heran. Erwachsene machten sie mit europä- ischen Techniken des Anbaus, der Holz– und Metall- verarbeitung, der Weberei, Färberei und Keramik vertraut. Ihrerseits widmeten sich zahlreiche Missionare ausgiebig dem Studium der indianischen Sprachen und zeichneten als Autoren oder Übersetzer sogenannter Codices für die Bewahrung der vorspanischen Ge- schichte verantwortlich. 		Bartólomé de las Casas und Vasco de Quiroga haben noch im heutigen Mexiko und darüber hinaus den Status von Volksheiligen, weil sie sich zum Anwalt der Indígenas gemacht haben.
Doch auch fanatische Igno- ranten, wie der als Bücherverbrenner und Folterer in die Geschichte einge- gangene Bischof von Yucatán, Fray Diego de Landa, gehörten zu den Vertretern der ka- tholischen Kirche Spaniens in der Neuen Welt.

Letzterer ließ im Juli des Jahres 1652 in einer berüchtigten Zeremonie im yukatekischen Mani 5000 rituelle Figuren und 28 Handschriftenrollen verbrennen und vernichtete so wesentliche Teile der Geschichtsschreibung und Geschichte eines ganzen Volkes - der Maya Yucatáns.